Трудовая деятельность Таргена Бахитова с конца девяностых развивалась по двум путям: работа в Оренбургском госуниверситете на кафедре технологии пищевых производств и работа в различных строительных компаниях в руководящих должностях.

Первое высшее образование Тарген Бахитов получил в 1996 году по специальности «Технология хлеба, кондитерских и макаронных изделий», об этом свидетельствуют данные на странице преподавателя с аналогичными фамилией, именем и отчеством на сайте ОГУ. Эта же информация подтверждается в его официальной биографии на сайте Фонда МЖКХ, где указано, что Бахитов окончил факультет прикладной биотехнологии и инженерии и является инженером-технологом.

С 1996 года Бахитов был заместителем руководителя по проектным работам ООО «Интерьер — Сервис» и проработал в этой должности до 1999 года.

Параллельно в 1997 году он начал работать в ОГУ учебным мастером. После стал ассистентом кафедры. С 1999 года занимался преподавательской деятельностью. Сейчас является доцентом кафедры (по совместительству). Как следует из биографии на сайте Фонда, Тарген Бахитов преподаёт дисциплины: «Проектирование предприятий отрасли» и «Проектирование технологических процессов». О какой кафедре идёт речь, не указано. В справке на сайте ОГУ говорится о кафедре технологии пищевых производств, однако в расписании преподавателя никаких предметов не стоит.

В том же 1999 году он стал главным инженером ООО «Строительно-техническая компания “Спектр”», а в 2003-м — замдиректора ООО «Вита-Строй» и работал там до 2010 года.

В октябре 2010 года Бахитов стал заместителем гендиректора государственного унитарного предприятия «Оренбургснабсбыт», а уже через несколько месяцев, в январе 2011-го — гендиректором организации.

В 2010 году Тарген Амандыкович Бахитов являлся одним из авторов изобретения к патенту — способ получения сахаросодержащего продукта из зерна ржи. Вместе с ним авторами выступали Евгения Яковлевна Челнокова — тоже доцент кафедры технологии пищевых производств, и Валентина Васильевна Колпакова.

2011-м годом датируется автореферат диссертации на соискание учёной степени кандидата технических наук Бахитова по теме «Технология переработки некондиционного зерна ржи на пищевые и кормовые цели». Научным руководителем является доктор технических наук, профессор Валентина Колпакова. В этом же году Бахитов стал кандидатом технических наук. 

В 2014 году он получил второе высшее образование в ОГУ по специальности «Промышленное и гражданское строительство».  

В августе этого же года Бахитов правлением организации был назначен на должность генерального директора НО «Фонд модернизации ЖКХ Оренбургской области». Председателем правления является и.о. замглавы Минстроя Оренбургской области по ЖКХ Дмитрий Аниськов. Члены правления – сам Тарген Бахитов, его заместитель Константин Золотарёв, главный бухгалтер Минстроя Марина Дёмина, а также начальник управления ЖКХ в ведомстве Геннадий Щербаков. По данным ЕГРЮЛ, учредителем организации является Оренбургская область, а его права осуществляются Минстроем области. Надзорный орган Фонда — попечительский совет, председателем которого является первый вице-губернатор Сергей Балыкин.

В 2015 году Тарген Бахитов прошёл повышение квалификации по «Современным методам обработки растительного и животного сырья».