Елена Афанасьева родилась 27 марта 1975 года в Оренбурге.

В 1994 году принимала участие в организации оренбургского отделения партии ЛДПР.

После окончания в 1997 году Оренбургского государственного педагогического университета полгода проработала в школе учителем истории.

В 1998 году была избрана руководителем регионального отделения партии. В 2003 — депутатом Госдумы четвёртого созыва. Избиралась Елена Афанасьева по федеральному списку ЛДПР. В этом созыве сначала входила в комитет по экономической политике, предпринимательству и туризму, в 2004 году перешла в комитет по экологии, а затем в этом же году — в комитет по делам женщин, семьи и молодёжи.

В 2004 году участвовала в выборах мэра Оренбурга. Тогда за неё проголосовали 1,5% избирателей.

В октябре 2005-го была назначена министром образования Калининградской области. Депутатские полномочия с Елены Афанасьевой были сняты 16 ноября. Однако через несколько дней она ушла с занимаемой должности, а постановление ГД о снятии депутатских полномочий было отменено. По словам лидера партии Владимира Жириновского, Елена Афанасьева «не хотела исполнять должность министра образования».

В 2006 году Афанасьеву назначили исполняющим обязанности заместителя председателя фракции ЛДПР.

Через год, в 2007-м, защитила диссертацию на тему «Участие Российской Федерации в урегулировании политических кризисов и межнациональных конфликтов на постсоветском пространстве (1992-2003)» в Институте международного права и экономики имени А.С. Грибоедова. В результате проведённой сообществом «Диссернет» экспертизы в диссертации были обнаружены заимствования на 152 страницах из 164. 

В этом же году Елена Афанасьева окончила Дипломатическую академию МИД России.

В декабре 2007 года была вновь избрана депутатом Государственной Думы.

До 2010-го входила в состав Высшего совета ЛДПР, до 2011-го являлась председателем Центральной контрольно-ревизионной комиссии ЛДПР.

В декабре 2011 года избрана депутатом Госдумы шестого созыва. Избиралась по партийному списку ЛДПР. Входила в комитет по вопросам семьи, женщин и детей.

В декабре 2012-го Елена Афанасьева совместно с депутатом ЕР Екатериной Лаховой внесла поправки в законопроект, ставший ответом на принятие в США акта Магнитского. Поправки вводили запрет на усыновление иностранными гражданами детей-сирот из России.

Против внесённых поправок высказывались министр иностранных дел Сергей Лавров, уполномоченный по правам человека Владмир Лукин, а также глава Минобранауки Дмитрий Ливанов.

В связи с этим лидер ПАРНАС Борис Немцов заявил «Коммерсанту», что будет добиваться включения Афанасьевой и Лаховой в список Магнитского. Он также обещал обсудить их внесение в «чёрный список» с евродепутатами.

Собеседники журнала «Власть» при этом утверждали, что «креатив» Афанасьевой и Лаховой «был санкционирован “на самом верху”».

Однако закон был принят большинством голосов.

В феврале 2013 года в США, в семье усыновителей погиб российский ребёнок. После этого Афанасьева сделала заявление, что это подтверждает правильность введения закона. При этом она раскритиковала протестующую против него артистку Чулпан Хаматову и обвинила её в пиаре.

— Я с 2003 года нахожусь в Государственной Думе, неоднократно лично занималась этой темой и поднимала вопрос о проблеме детей-сирот в РФ, — рассказывала о своей инициативе Афанасьева в эфире «Коммерсант FM». — Тогда меня не поддержали. 10 лет спустя меня поддержало думское большинство. Я рада, потому что сейчас вижу уникальную возможность для депутатов шестого созыва не просто поднять этот вопрос, а, в конце концов, начать его решать. А вы нам опять предлагаете: давайте подискутируем. Мы дискутируем с 2003 года!

В декабре 2013-го Елена Афанасьева совместно с депутатом от ЛДПР Яном Зелинским внесла законопроект, по которому мигрантам запрещалось в рабоче время говорить на родном языке. Инициативу объяснили тем, что это вызывает негодование у коренного населения.

В пояснительной записке к законопроекту было обнаружено порядка двадцати синтаксических и орфографических ошибок. РБК писал, что текст был «удивительно безграмотным». Владимир Жириновский осудил за это своих однопартийцев и в общем раскритиковал содержание законопроекта.

В 2013 году на 26-м съезде ЛДПР Жириновский перечислил тех членов партии, которые, по его мнению, могли бы стать его преемниками. Наряду с его сыном, вице-спикером Игорем Лебедевым, губернатором Смоленской области Алексеем Островским в списке была и Елена Афанасьева.

В начале 2014-го Игорь Лебедев заявлял, что фракция ЛДПР планирует выдвинуть на пост уполномоченного по правам человека кандидатуру Елены Афанасьевой. Тем не менее в итоговый список претендентов она не вошла. За её кандидатуру проголосовал всего 151 человек, что не позволило включить её в список.

По данным «Коммерсантъ», в 2014 году «местные либерал-демократы» хотели видеть Елену Афанасьеву в качестве кандидата на пост губернатора вместо выдвинутого высшим советом ЛДПР Сергея Катасонова. Собеседник издания в «Единой России» тогда сказал, что «Афанасьева более удобный кандидат для Берга, так как у неё, по сути, нет никаких губернаторских амбиций».

— Она бы стала техническим соперником для врио губернатора, что устроило бы все местные элиты, за исключением, пожалуй, Сергея Михайловича (Катасонова. — „Ъ“)», — полагает собеседник газеты в ЕР.  

Администрация губернатора «пыталась убедить высшее партийное руководство ЛДПР поддержать не Сергея Катасонова, а его коллегу по фракции Елену Афанасьеву, как более удобного соперника для господина Берга», пишет «Коммерсантъ».

Впоследствии кандидатура Сергея Катасонова была снята, а имя Елены Афанасьевой появилось в списке кандидатов на пост губернатора.

В сентября 2014 года Юрий Берг подписал указ о назначении Афанасьевой сенатором в Совет Федерации от Оренбургской области. На этом посту она сменила бывшего главу региона Алексея Чернышёва. В октябре она в числе восьми депутатов Госдумы досрочно сложила с себя полномочия.

В июне 2016-го лидер ЛДПР Владимир Жириновский в интервью Газете.ru признался, что сенаторство Елены Афанасьевой стало предметом соглашения по снятию с выборов губернатора Сергея Катасонова.

— Та же история с сенаторством, — ответил на это Владимир Жириновский. — Поступило предложение: не выставляйте, мы поставим вашего человека в сенат. Вот и всё, — сказал Жириновский. — Но я говорю ещё раз: мы прекращаем размены. Это была ошибка, я признаю.

Афанасьева награждена почётной грамотой президента РФ «За достигнутые трудовые успехи, многолетнюю плодотворную работу, активную законотворческую деятельность» (2014).  

Елена Афанасьева разведена, есть сын и дочь.